हाइजीनिक पंपों का उपयोग आमतौर पर फ़ूड, फ़ार्मास्युटिकल और कॉस्मेटिक जैसे क्षेत्रों में किया जाता है, जहाँ मानव स्वास्थ्य सबसे अधिक महत्वपूर्ण होता है। इन क्षेत्रों में उपयोग होने वाले उपकरणों को मानव स्वास्थ्य की रक्षा के लिए कुछ निश्चित मानकों का पालन करना होता है। इनमें से कुछ मानक हैं: 3A, European Hygienic Engineering and Design Group (EHEDG, यूरोपियन हाइजीनिक इंजीनियरिंग एंड डिज़ाइन ग्रुप), FDA (Food and Drug Administration, अमेरिकी खाद्य एवं औषधि प्रशासन)।
हाइजीनिक पंपों में सबसे महत्वपूर्ण बिंदु सतह की चिकनाई है। पुराने साहित्य में 3.2 μm सतह रफ़नेस मान को हाइजीनिक मानक की शुरुआत माना जाता था, लेकिन आज 0.8 μm, बल्कि 0.4 μm कहीं अधिक उपयुक्त और व्यापक रूप से स्वीकृत मान है।
बगल में दिखाई गई पहली सतह सैंड कास्टिंग की, दूसरी सतह प्रिसिज़न (इन्वेस्टमेंट) कास्टिंग की और अंतिम सतह ड्रॉन (कोल्ड-ड्रॉन) स्टील मटीरियल की सतह रफ़नेस है। जैसा कि देखा जा सकता है, पहली दो कास्टिंग विधियों में रफ़नेस काफ़ी अधिक है। इसीलिए हाइजीनिक पंपों के निर्माण में ड्रॉन स्टील मटीरियल का उपयोग किया जाता है। मटीरियल की सतह पर ये खुरदुरापन इतना छोटा होता है कि सामान्य प्रोसेस में कोई बड़ी तकनीकी समस्या पैदा नहीं करता। लेकिन किसी बैक्टीरिया के बसने और पनपने के लिए ये काफ़ी बड़े स्थान होते हैं।
हाइजीनिक पंपों और उपकरणों की एक और विशेषता यह है कि इन्हें जल्दी साफ़ किया जा सकता है और आसानी से खाली (ड्रेन) किया जा सकता है। सफ़ाई आमतौर पर दो तरीकों से की जाती है: “Clean in Place, CIP, यथास्थान सफ़ाई” या “Clean Out of Place, COP, स्थान से हटाकर सफ़ाई”। COP बहुत श्रमसाध्य और समय लेने वाली विधि है, इसलिए जब तक अनिवार्य न हो, इसे नहीं अपनाया जाता। इसका मूल सिद्धांत यह है कि उपकरणों को पूरी तरह या आंशिक रूप से खोलकर किसी अन्य स्थान पर साफ़ किया जाता है और फिर दोबारा असेंबल किया जाता है। वहीं CIP के लिए उत्पादन व्यवस्था की शुरुआत में ही एक अतिरिक्त सिस्टम लगाना पड़ता है, लेकिन सिस्टम लग जाने के बाद सफ़ाई बहुत आसानी और तेज़ी से हो जाती है। CIP में सफ़ाई रसायनों को हाइजीनिक पंपों के माध्यम से उन्हीं लाइनों और उपकरणों से गुज़ारा जाता है जिनसे खाद्य पदार्थ गुज़रता है; इसके लिए आमतौर पर CIP पंपों का उपयोग किया जाता है। इसके बाद उसी मार्ग से रिंसिंग (खंगालना) की जाती है और सफ़ाई पूरी हो जाती है।
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